在某些情况下，需要使用PE进行硬盘分区、系统重装、驱动卸载安装与替换、修复原系统不起作用导致的系统无法正常开启等。但在某些情况下，有一般用户不会察觉到的风险。这里只对已知的一个问题进行提醒。
在使用电脑店、大白菜PE等传统PE时，修复完成后完全可以进入系统。初次进入系统后无任何异常反应，完全可以正常运行。但再次启动电脑就会发现无法正常进入系统，甚至会出现类似“NVIDIA is missing”类似问题（并不是真的英伟达问题可能）。重新进入PE后，甚至会发现在DiskGenius中可以识别硬盘但没有任何分区，搜索过往文件却可以搜索到。
这种情况下可以尝试搜索丢失分区，重复开机会提示缺少相关文件。建议寻找一个完整的对应版本的系统镜像，并将缺失文件复制到制定文件夹，一般即可进入系统。
预防此类问题出现的方法，即在使用PE后要及时进行杀毒处理（无论哪家杀毒软件应该都可以查杀得到），即可解决对应问题。